ここでは、マウスのジェノタイピングに使えるPCR用の未精製DNAを簡単に抽出できる方法をご紹介します。
- マウスのしっぽや耳の組織片（1-2mm）を採取する。末梢血の場合は50ul程度採血してRBC lysisする（RBC lysis bufferについてはこちらをご覧ください）。エッペンドルフチューブ1.5mlを使用する。
- 25mM NaOH, 0.2mM EDTA を75ul加える。
- ヒートブロック（95℃）に1時間置いて、その後室温に戻す。
- 40mM Tris HCL (pH 5.5)を75ul加えて中和する。
- 4000rpm 3分で遠心する。
- 上清の0.5ulから1ulをPCRのテンプレートとして使う。
利点としてはカラムを使わないので、ほぼタダであり経済的であるということです。手間もほとんどかからず、ハイスループットです。
欠点はCrudeなDNAであり、PCRの阻害物質などが混入している可能性がありますので、
かかりにくいPCRの場合はうまくいかないことがあるかもしれません。
Preparation of PCR-quality mouse genomic DNA with hot sodium hydroxide and tris(HotSHOT)
Truett GE et al., Biotechniques. 2000 Jul;29(1):52, 54.
このサイトでは他にも色々な実験プロトコールや試薬の作り方についてまとめています。
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