TAE, TBEバッファーの作り方、その違いと上手な使い分け

実験プロトコル

アガロースを電気泳動するときにバッファーはどのように選んでいるでしょうか?

おそらく大部分の方がTAEバッファーかTBEバッファーを使っていると思いますが、上手に使い分けられているでしょうか?

この記事ではTAEバッファーとTBEバッファーの組成、さらにそれぞれのバッファー特徴を比較して解説しています。

まずそれぞれのバッファーの作り方について下記にまとめています。

TAEバッファーの作り方

50x TAEバッファーのレシピです。

終濃度
Tris242 g2 M
氷酢酸(Acetic acid)57.1 mL2 M
EDTA・2Na (2H2O)18.6 g0.05 M
蒸留水to 1 L

使う時に50倍希釈してください。

1x の濃度はTris-acetateが40 mM, EDTAが1 mMとなります。

TBEバッファーの作り方

10x TBEバッファーのレシピです。

試薬終濃度
Tris121.1 g0.89 M
EDTA・2Na (2H2O)3.7 g0.02 M
ホウ酸(Boric acid)61.8 g0.89 M
蒸留水to 1 L

使う時に10倍希釈して下さい。

1x の濃度はTris-borate 89 mM, EDTA 2 mM となります。

TAEバッファーとTBEバッファーの違い

TAEとTBEの違いと特徴についてまとめました。

DNAの回収率

DNAの回収率はTAEの方がTBEよりも優れています、、、と言われていますが、私はこれで実際に困ったことはありません。

キットの性能も上がってきているので、TBEを使っていたからDNAが回収できなくてクローニングできなかったということはありませんでしたので、大きな問題にはならないと思います。

バンドの解像度

バンドの解像度(シャープさ)においてはTBEの方がTAEよりも優れています。

特に1000bp以下はTBEの方が解像度が良くなります。

10kb以上の場合はTAEの方が分離が良い、、、とも言われていますが、10kb以上のDNAを流すことは稀ですのであまり実感したことはないですね。

ちなみに100bp以下を分離させたい時は、より孔のサイズが小さいアクリルアミドゲルがオススメです。

緩衝能力、泳動速度

TBEの方がTAEよりもイオン強度が高く、緩衝能力も優れています。

TBEがイオン強度が高いので、泳動速度も早いです。

TAEはイオン強度が低い→泳動速度が遅い→泳動時間が長い→バッファーの温度が上がる→バッファーが蒸発しやすい→泳動が均一ではない(スマイリングしやすい)ということになります。

TAEバッファーで長時間の泳動するときには、緩衝能力が低いので時々バッファーをかき混ぜて、陽極と陰極のバッファーを拡散させるとよいでしょう。

価格

価格の点ではTAEバッファーがTBEよりも圧倒的に安いです。

TAEバッファーとTBEバッファーの価格の違いを既製品で比較してみましょう。

ニッポンジーンさんのホームページを参照していますが、TAEバッファーとTBEバッファーはどちらも9000円で販売されていますが、明らかに量が違いました。

TAEバッファーが25L分作れるのに対して、TBEバッファーは5L分です。

つまりTAEバッファーの方がTBEバッファーよりも5倍安いことになります。

50x TAEバッファー (500ml), 9000円

50 x TAE 電気泳動用 Tris-acetate EDTA Buffer|ニッポンジーン

5x TBEバッファー (1000ml), 9000円

5 x TBE 電気泳動用 Tris-borate EDTA Buffer|ニッポンジーン

まとめ

TAEバッファーとTBEバッファーについてまとめました。

価格の面ではTAEに軍配が上がりますので、個人的にはルーチンの電気泳動ではTAEを使い、

論文のFigureを作る目的などで1000bp以下のバンドをキレイに見せたい時はTBEバッファーを使うとよいかなと思います。

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